首先是行政管理上的差距。欧盟已经出台了一系列相关法律法规，要求在欧盟国家销售的牛肉制品和生鲜水果、蔬菜都要具有可追溯功能，以保证饮食安全卫生。而我国，关于农产品的质量、卫生等方面的各类标准有很多，但对其进行质量追溯的标准或法规却不多。当市场产品质量出现问题后，很难进行质量问题的溯源。
另外，有机食品安全追溯体系建立以后暂时不会见到效益，企业能不能接受，各个环节上的生产企业对该工作的认知度不够，对体系的建设都有所影响。另外，企业建立质量追溯体系后，数据对外进行公布，怎么让消费者相信该信息是真实的，管理部门如何监督管理企业公布的信息，这些问题都亟待解决。

同时，追溯功能的发挥还依赖于严格的责任追溯制。据业内专家介绍，在技术层面，双向的可追溯系统已经初步建立，但追溯后的追责惩罚措施等还不太明确具体，需要加强。此外，还需要逐步将食品安全监管领域的责任追溯从以罚款、民事诉讼为主上升到刑事诉讼的程度，加强约束力。